Ustanoviteljske obveznosti predstavljajo obveznosti ustanovitelja do javnih raziskovalnih in infrastrukturnih zavodov, s čimer jim agencija poravna fiksne stroške delovanja in poslovanja, ki so vezani na njihovo osnovno raziskovalno oziroma infrastrukturno dejavnost.

V okviru ustanoviteljskih obveznosti se pokrivajo: stroški upravljanja in vodenja, fiksni stroški delovanja ter vzdrževanja in obnavljanja nepremičnin in opreme.