Proračunska sredstva za izvajanje raziskovalnih programov so namenska sredstva in se lahko uporabljajo izključno v obsegu in na način, kot je določeno v pogodbi in pogodbeni dokumentaciji. Ob tem naj opozorimo na naslednje:

1. Skupna plačna obremenitev posameznih raziskovalcev, ki izvajajo raziskovalne programe, projekte in CRP-e. Posamezni raziskovalec ima dovoljeno obremenitev največ en ekvivalent polne zaposlitve za redno delo, za dopolnilno delo pa sorazmeren del tega obsega, v skladu s pravnimi predpisi, ki urejajo to področje. Raziskovalne organizacije so same odgovorne za zakonitost poslovanja in za namensko porabo proračunskih sredstev: spremljati morajo proračunsko obremenitev posameznih raziskovalcev in skrbeti za zakonitost in namensko porabo pogodbenih sredstev v skladu z normativnimi določili.
    
2. Obremenitev tehničnih in strokovnih sodelavcev. Če je za izvedbo programa oz. projekta potrebno sodelovanje tehničnih in strokovnih sodelavcev, se njihov raziskovalni obseg v izračunu skupnega števila ekvivalenta polne zaposlitve na programu oz. projektu določi s faktorjem 2/3. Pri posameznem programu oz. projektu delež ekvivalentov polne zaposlitve tehničnih in strokovnih sodelavcev ne sme biti večje kot:

• pri cenovni kategoriji A 0,10
• pri cenovni kategoriji B 0,20
• pri cenovni kategoriji C 0,30
• pri cenovni kategoriji D 0,35

3. Poraba materialnih stroškov. V okviru cene raziskovalne ure se za raziskovalne programe in projekte poleg plač raziskovalcev, davkov in prispevkov ter amortizacije financirajo tudi neposredni materialni stroški in stroški storitev, kamor štejemo:

• neposredne materialne stroške v zvezi z raziskovalnim delom;
• neposredne nematerialne stroške in stroške storitev v zvezi z raziskovalnim delom, kot so: stroški potovanj, avtorsko delo, storitve po drugih pogodbah, vezane na izvedbo programa oziroma projekta ipd.

4. "Režijski stroški". Stroški upravljanja in vodenja, fiksni stroški delovanja, vzdrževanja in obnavljanja nepremičnin ter opreme se pokrivajo v okviru ustanoviteljskih obveznosti, ki jih Agencija za raziskovalno dejavnost zagotavlja javnim raziskovalnim zavodom. Sredstva za raziskovalne programe in projekte niso namenjena financiranju "režijskih stroškov", v kolikor se z njimi pojmujejo fiksni stroški delovanja, ampak financiranju neposrednih stroškov za izvedbo raziskovalnega projekta oziroma programa.
    
5. V okviru odobrenih sredstev in ob pogoju, da sredstva programa oziroma projekta niso prekoračena, lahko poraba po posameznih stroškovnih elementih odstopa pri vseh stroškovnih elementih v strukturi programa oziroma projekta + - 15% v breme enega ali več stroškovnih elementov, vendar vsakega največ do + - 15%. Dodatno odstopanje je dovoljeno, kadar na programu oziroma projektu ni izplačanih avtorskih honorarjev oziroma storitev fizičnim osebam po drugih pogodbah, in sicer se lahko delež za avtorske honorarje, ki je določen v 33. členu zgoraj navedene uredbe prenese v plače ter davke in prispevke. Izplačila avtorskih honorarjev iz sredstev za programe oziroma projekte so dovoljena izključno za izvajalce, ki niso v delovnem razmerju v organizaciji izvajalki programa oziroma projekta.
    
6. Dodatna odstopanja oz. izjeme, poleg navedenih, so dovoljena le na podlagi podrobne utemeljitve in po predhodnem soglasju agencije, ki ga izda v obliki sklepa.